Después de su fracaso en las elecciones del 2000, Francisco Labastida Ochoa ha estado envuelto por escándalos de desvíos y corrupción que desataron diversas polémicas en su partido.
La primera en la que se vio envuelto fue el famoso caso del Pemexgate, el cual fue el primer caso de desvío de recursos con propósitos electorales en el que se vio envuelta la empresa paraestatal PEMEX y el Sindicato de Trabajadores Petroleros de la República Mexicana (STPRM).
Dicho desvío por un monto de más de mil 500 millones de pesos, en el cual sus colaboradores de campaña fueron acusado de peculado electoral, de desvío de recursos y, de igual manera, de hacer pactos con otros partidos políticos.
Tras la derrota, Labastida salió pocas veces a la luz pública, no apareció en foros académicos ni en los de su partido; sin embargo, a casi 19 años de desaparecer, Labastida ha regresado a hacer debacle al partido en el cual solo ha gozado de los múltiples cargos que la cúpula le ha otorgado.
